Nomeado capitão mor da capitania do Rio Grande em 1616 em retribuição pelos serviços prestados na Índia. Segundo o relato de Domingos da Veiga de 1627, Mota era cavaleiro da Ordem de Cristo no período em que governou a capitania do Rio Grande.

Para Vicente Lemos, Mota exerceu o cargo de capitão mor entre 1616 e 1619. No entanto, Domingos da Veiga afirma que Mota sucedeu Francisco Gomes de Melo no cargo de capitão mor e foi antecessor de Cipriano Pita Porto Carnero, tendo governado então entre 1623 e 1625, a despeito da  provisão de 1616. 

Recibe una carta de Capitania do Rio Grande el 3 de marzo de 1623.