Según la información proporcionada por W. Pinho (p. 38 y siguientes), Sebastião Alvares llegó a Brasil en 1553 con un titulo de 'Escrivão da Fazenda Real, tomando posesión en 1554 ante el Provedor António Cardoso de Barros, pues se sabe de su presencia en Bahia el 18 denoviembre de 1553, cuando suscribió la carta con la que el governador-geral Duarte da Costa nombró a Rodrigo de Freitas provedor da fazenda 'interino'', ante la ausencia de Rodrigo de Argolo. En mayo de 1555 era nombrado 'Capitão da Caravela São João' para llevar casrtas al rey a Lisboa, pero en noviembre de ese mismo año se vuelve a encontrar documentación firmada por Sebastião Alvares en Salvador. En las disputas entre Duarte da Costa y el Bispo D. Pero Fernandes (Sardinha), Sebastião Alvares siempre tomó partido por Duarte da Costa. El 21 de agosto de 1557, D. Duarte da Costa, considerando que Sebastião Alvares o Alves 'Escrivão da Fazenda do dio Senhor enstas partes que veio do reino provido por sua Alteza do dito ofício por tempo de tres anos' tenía ya 'acabados de servir os ditos tres anos', le hizo merced del mismo oficio 'até o dito Senhor prover dele a outrem', permaneciendo en ese oficio hasta 2/1/1558, ya que poco tiempo después tomaba posesión Sebastião de Rabelo. Con la llegada del nuevo governador-geral Mem de Sá, Sebastião Alvares cambió su actividad administrativa por la militar: acompañó a Mem de Sá a la guerra de Boca Torta, ayudando a quemar, destruir y matar al gentio, así como a la conquista de Rio de Janeiro frente a los franceses. Prueba de afecto por sus servicios, fue nombrado en 1560 'escrivão do tesouro destas partes' en sustitución de Rodrigo de Freitas, recibiendo también una sesmaria 'em frente à ilga de Maré', en la Bahia de Todos los Santos.En 1562 fue verador de la Câmara de Salvador de Bahia, junto a Brás Alcoforado, João Fernandes Coxo, Gaspar de Barros Magalhães y Francisco Pnatoja. En 1578 aparece Sebastião Alvares como procurador de D. Leonor de Sousa, viuda de D. Alvaro da Costa y del hijo de ambos, Duarte da Costa.