Mateus Nunes foi um cirurgião e morador na Bahia. Natural da cidade do Porto. Nasceu por volta de 1546. Filho de André Nunez e de Caterina Roiz, tecelões de toalhas e moradores da cidade do Porto. Por volta de 1563, quando tinha 16 anos, havia estado na casa do cirurgião Domingos Jorge, na cidade do Porto. Com este cirurgião aprendeu o ofício. Com ele estava outro discípulo mais moço, com quem cometeu sodomia. Já havia cometido o mesmo pecado em outra ocasião e com outra pessoa. Quatro anos depois, estava na vila de Guimarães, e cometeu novamente o mesmo pecado com o cristão-velho Belchior da Costa. Neste momento já exercia o ofício de cirurgião. Foi mencionado por Belchior Costa como sendo cristão-novo.

Em 1592, no dia 19 de janeiro, confessa na Bahia. Nesta data, afirmou ser cirurgião e morador da freguesia de Tasuapina, no Recôncavo Baiano. Era casado com a "mamaluca”Caterina Coelha. Nesta data, tinha 46 anos de idade.