Vereador da Câmara de Salvador entre 1580 y 1581, y entre 1581 y 1582.

Según R. Ricúpero, p. 258: 'Fernão Vaz da Costa, sobrinho do 2º governador-geral, D. Duarte da Costa, possuiu uma ilha na região do rio Paraguaçu com mais de uma légua de comprimento. Participou ativamente da briga entre o governador e o bispo D. Pero Fernandes, sendo acusado por este pelos 'desarranjos e disoluções' `praticados juntamente com D. Alvaro da Costa. Desempenhou diversas tarefas: em 1550, no governo de Tomé de Sousa, era capitão de um bergantim; em 1555, já no governo de D. Duarte da Costa, era um dos seis capitães da fente da cidade; em 1557, era capitão de uma galé; em 1559, aparece como tesoureiro e em 1560, era nomeado contador'.