Recebeu por herança as capitanias donatárias de Peroaçu e Jaguaripe por volta de 1607. O donatário anterior, Duarte da Costa, havia ingressado como religioso na Companhia de Jesus, em 1607, e deixado as capitanias como herança para o primo, Gonçalo da Costa.
Como capitão donatário, Gonçalo da Costa teve uma questão judicial com os jesuítas no ano de 1613, pois o donatário anterior havia deixado em testamento os rendimentos da capitania de Peroaçu aos jesuítas (Paes Leme, 2018: 195). O donatário nunca esteve no Brasil.