Foi um senhor de engenho da Bahia, citado desta forma por Frei Vicente do Salvador: "mas o que mais fez nesta matéria foi um cidadão senhor de engenho, chamado Sebastião de Faria., o qual lhe largou as suas casas com todo o serviço, e o banqueteou, e aos seus familiares e apaniguados oito meses, que aqui estiveram, só por servir a el-rei, sem por isso receber mercê alguma, porque serviços do Brasil raramente se pagam." (p. 104).

Según G. Soares de Sousa, Sebastião de Faria era el dueño de dos engenhos. El primero de ellos era el famoso engenho 'Freguesia', estudiado por W. Pinho, que Gabriel Soares de Sousa definió como un 'soberbo engenho de agua'. El segunto, próximo del primero, era 'de duas moendas que lavram com bois, com uma formosa Igreja de Nossa Sehora da Piedade'. Aparte de sus propiedades, desempeñó importantes tareas de conquista: fue capitão-mor de una flota de cinco barcos que defendieron el Recôncavo ante el ataque inglés de 1587 y fue jefe de la retaguardia de la expedición de conquista a Sergipe comandada por Cristóvão de Barros en 1589. 

Según R. Ricúpero (p. 252), Sebastião de Faria se casó con Beatriz, Brites Antunes, hija de Heitor Antunes, ligado a Mem de Sá y rendero de azúcar. La hija de ambos, Custódia de Faria, casaría con Bernardo Pimentel de Almeida, sobrino del Governador-geral Luís de Brito de Almeida.