Nascido em Portugal, muito provavelmente em Azurara, teria chegado à Nova Granada na década de 1570, onde se estabeleceu inicialmente. Já foi identificado erroneamente como Miguel Pinheiro Azurara, castelhano (FRANCO, Francisco de Assis Carvalho. Dicionário).

Com conhecimentos em minas de ouro, na década de 1590 teria acompanhado ao governador Francisco de Souza quando este assumiu o governo geral em Salvador.

Em 1597 foi enviado juntamente com o recém nomeado "administrador das minas de ouro", Diogo Gonçalves Laço, à vila de São Paulo para iniciar as investigações quanto ás supostas riquezas minerais ali alardeadas. (FRANCO, Francisco. Companheiros)

Entre 1597 e 1602, vive na Capitania de São Vicente, na vila de São Paulo, estando presente como testemunha em testamentos e inventários do local. (Vilardaga, São Paulo no império) 

Em 1602, parte rumo à corte, em Valladolid, a mando do governador Francisco de Souza, juntamente com Diogo de Quadros, Martim Ruiz de Godoi e Manuel João, para solicitar mercês e obter um regimento para as minas de ouro.

Voltou da corte entre 1603 e 1604, com o título de fidalgo, e com o ofício de mineiro-mor das minas de ouro descobertas e por descobrir no Estado do Brasil, em especial na Capitania de São Vicente, pelo prazo de dois anos, e com salário de 1500 cruzados a serem pagos com os rendimentos das próprias minas. Ao final deste período, teria licença para buscar sua família em Nova Granada.(AGS, Secretarias Provinciales, Libro 1463 e AGS, SP, Libro 1575)

Em 1605, obtém uma carta da Câmara de São Paulo que o autoriza a buscar sua família em Nova Granada, seguindo pelo caminho proibido de São Paulo ao Paraguai. Na autorização, atestam-se os bons serviços que teriam sido prestados por Pinheiro, distribuindo datas de minas e aplicando o regimento mineral. (ANA, CyC, 1549)

Em 1606 segue pelo caminho proibido. Em Villa Rica do Espirito Santo, conforme processo de 1607, um escravo da Guiné que levava consigo foi confiscado e leiloado em praça pública, sendo arrematado por ele mesmo. (AGI, Contadoria) 

Neste mesmo ano de 1606, é preso em Assunção, tendo seus bens sido inventariados. Pesou sobre ele a acusação de ter feito o caminho proibido sem licença da Casa de Contratação, com contrabando de mercadorias variadas, ouro extraído das minas de São Paulo e uma centena de negros escravizados. O réu alegou possuir uma autorização para ir à Nova Granada, que só levava mercadoria para seu próprio consumo e que não contrabandeava ouro e negros escravizados. As testemunhas que o conheciam o chamavam de tratante e comerciante. (ANA, CyC, 1549

Permaneceu na região paraguaia, envolvido com o negócio da erva mate em Maracayu, até pelo menos 1612, pois esteve envolvido em cobraças de dívidas entre 1609 e 1612 (ANA, Civil y Criminal, 1944, 4, 1609 e ANA, Civil y Criminal, 1946, 7, 1612).