Cirurgiao-mor das Armadas que foi para o Brasil, em 1631, junto com o Físico-mor Diogo Pereira, em socorro a Pernambuco. Exerceu com Diogo Pereira tanto em Pernambuco como na Bahia.
Nao há constância de quanto tempo permaneceu no Brasil. Em certidao médica em que atesta um problema urinário do Físico-mor Diogo Pereria, em 15 de agosto de 1631, consta que estava na Bahia. Em outra certidao, do dia 08 de novembro do mesmo ano, aparece que estava em Pernambuco. Ambas certidoes foram utilizadas por Diogo Pereira, em 1638, para solicitar ser dispensado de seu exercício de Físico-mor das Armadas. Francisco Pereira ainda emitiria uma terceira certidao médico, atestando o mesmo problema de saúde de Diogo Pereira (12/07/1634), na qual consta que estava em Lisboa.
Exista ainda um terceiro documento de Francisco Pereira, de 08/10/1636, em que solicita o pagamento de 51$6668 reis de soldo devido. Este documento foi escrito desde Lisboa.