En 1588 recibió carta de Governador-geral de Brasil.

No regimento do governador-geral Francisco Giraldes, que não chegou a assumir o cargo, mas tinha uma contenda com os jesuítas por causa das terras de Camamu, na Bahia, reafirma-se as ideias de “pacificação”, “encomenda”, “sujeição e obediência”.¹ O regimento proibia o comércio de armas com os índios e mandava organizar as feiras nas vilas para que os cristãos não fossem às aldeias. Os religiosos, com destaque para os jesuítas, seriam mantidos pela fazenda régia, afastando-os do comércio e da produção colonial, o que aumentava sua dependência econômica e política em relação à Coroa e à própria Igreja.