Cuando Brás Fragoso 'voltou ao Reino, as terras no Paraguaçu seriam vendidas, provavelmente, para Francisco de Araújo, que tinha o ofício de escrivão da Alfàndega e Provedoria dos Defuntos em 1575. Francisco de Araújo fez nas terras do Recôncavo, segundo Gabriel Soares de Sousa, algumas fazendas, tendo recebido posteriormente outras em Serfipe d'el-rei. Francisco de Araújo possuía barcos, negociava pau-brasil e tentou arrendar o contrato de dízimo e 'mais direitos' nas capitanias da Bahia, Pernambuco e Itamaracá. É conhecido ainda por ter incitado a defesa de Salvador en 1587, quando barcos ingreses entraram na Baía de Todos os Santos'.