Recebeu ordem do governador geral Manuel Teles Barreto, juntamente com Diogo Corrêa de Sande, para agir contra o levante dos Aimorés em Ilhéus, pois possuia muitos escravos e aldeias de índios forros.

Comparece en la Inquisición ante Heitor Furtado de Mendonça el 2 de Agosto de 1591. Admite que financió la entrada al sertão de Domingos Fernandes Nobre, y que ayudó a los indios de la 'herejía' de Santidade de Jaguaripe.

Famoso por 'abrigar a 'heresia' dos índios, chamada Santidade, em seu engenho de água, 'obra mui formosa e ornada de nobres edifícios' (Gabriel Soares de Sousa). 

En su confesion de 2 de Afosto de 1591, se confiesa porque tras conocer al 'papa'  Tupanasu de la herejía Santidade, desde entonces bendice de la manera que éste le enseño. Según Ronaldo Vainfas (pp. 63-66), Fernão Cabral de Ataíde fue preso y procesado por el propio visitador de LIsboa, considerando 'gravíssimas' sus culpas y solo atenuadas por su condición de fidalgo y la presgución de que su herejía era solo de actitud y no de fe.