Em 1585, iniciou-se a presença estável dos franciscanos na América portuguesa com a criação da Custódia de Santo Antônio do Brasil, com sede em Olinda. A província franciscana responsável por esta implantação foi a província capucha de Santo Antônio, com sede em Lisboa. A partir de 1617, junto com a expansão hispano-portuguesa em direção ao norte de Pernambuco, a mesma província deu início a uma nova implantação, distinta da Custódia olindense. Com a criação do Estado do Maranhão em 1621, foi constituída uma nova custódia franciscana em 1624, com sede em São Luís. Esta nova presença teve três fases juridicamente distintas:

• 1ª fase (1617 a 1624): comissariado franciscano de Santo Antônio do Maranhão. O comissariado, na organização franciscana, corresponde a uma fase preliminar à custódia, que, por sua vez, antecede à província. A Custódia de Santo Antônio do Brasil, não passou por uma fase prévia de comissariado, tendo sido criada diretamente como custódia em 1584, certamente devido à determinação de concretizar a implantação franciscana na América lusa.

• 2ª fase (1624 a 1655): custódia franciscana de Santo Antônio do Maranhão, dependente da província franciscana lisboeta. Seu primeiro custódio foi Fr. Cristóvão de Lisboa.

• 3ª fase (1655 a 1829): diferente da custódia olindense, que em 1649 tornou-se custódia autônoma em relação a Lisboa e, posteriormente, adquiriu status de província, a custódia maranhense retrocedeu à figura jurídica anterior de comissariado em 1655.

A subordinação deste comissariado/custódia/comissariado à província franciscana de Lisboa somente findou com a independência do Brasil. Instados a desvincular-se das autoridades franciscanas em Lisboa, emanciparam-se forçosamente em 1829. Nesta altura, o comissariado constava com apenas 14 frades. Esse reduzido número de frades, aliado à decadência geral das ordens religiosas a partir de 1855, fez com que esta presença franciscana no norte do Brasil não sobrevivesse ao final do período monárquico.