Aos 13 de março de 1584, o Capítulo da Província Capucha Franciscana de Lisboa decidiu iniciar uma presença estável na América portuguesa. O capítulo provincial contou com a presença do Ministro Geral da Ordem (1579-1587), Fr. Francisco Gonzaga, que mantinha relações próximas com Felipe II. A presença do Geral franciscano em Lisboa explica o interesse em fazer com que a jovem província franciscana lisboeta (haviam transcorridos somente 16 anos desde sua constituição como província) assumisse a implantação da Ordem em território luso americano. A implantação atendia aos pedidos do Governador Jorge de Albuquerque Coelho e de Felipe II.

Nenhum dos dez grupos missionários franciscanos, que antes de 1585 aportaram no Brasil, conseguiu estabelecer definitivamente a Ordem Franciscana nessa região, nem surtiu resultados duradouros, razão por que Fr. Gonzaga de bom grado mandou os fundadores da custódia de Santo Antônio para Pernambuco, no intuito de garantir o futuro da Ordem neste novo Orbe Seráfico Brasílico.

Decidida a fundação, foram obtidos o alvará de Felipe II, a Patente do Ministro geral franciscano e a bula do papa Sixto V, também ele franciscano. O grupo de sete franciscanos liderados por Fr. Melchior de S. Catarina, nomeado primeiro custódio, embarcou em Lisboa a 1º de janeiro de 1585 e aportou em Olinda a 12 de abril seguinte.

O status de custódia dependente da Província fundadora em Lisboa perdurou até 1649.

Aos 14 de março de 1647, por um Breve do papa Inocêncio X e com Patente do Ministro geral franciscano Fr. João de Nápoles, “se fez a Custódia do Brasil, depois de 62 anos de sujeição, isenta, separada, e independente da Província de Santo Antônio de Portugal; e como aqui deu fim o governo primitivo, e subordinado, e a independência, e isenção é um notável distintivo de tempo a tempo, e de governo a governo, assim devemos pôr aqui também termo à numeração dos Prelados, e Custódios, que foram dependentes, e fazer nova Estância para os que se foram seguindo por espaço de onze anos mais com esta independência, até a total ereção da Custódia em Província. Vinha nomeado no Breve para Custódio em primeiro lugar.”

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LETRAS DO MINISTRO GERAL FRANCISCANO FR. FRANCISCO GONZAGA PARA A EREÇÃO DA NOVA CUSTÓDIA

Fr. Francisco Gonzaga Ministro Geral da Seráfica Religião de nosso Padre S. Francisco. Ao muito amado em Cristo Fr. Melchior de Santa Catarina da mesma Ordem, pregador, e confessor, filho da Província de Santo Antônio do Reino de Portugal, saúde, e paz em o Senhor. Como sabemos que somos obrigados a todos com vínculo de caridade, e principalmente àqueles, cuja salvação está mais arriscada; e reconhecemos a V.R. por varão insigne em virtude, maduro em experiência, e dotado de zelo de salvar almas, tivemos por boa eleição, que mandássemos a V.R. à Província do Brasil, que pela maior parte está habitada de idólatras, e gentios, ajuntando a isto a propagação do culto divino, que desde o nosso princípio nos está muito encomendada, e o urgente mandado do Sereníssimo Católico Rei das Espanhas Filipe II, e a instantíssima petição dos fiéis cristãos de Pernambuco, da Província do Brasil, e de seu Governador, o valoroso Capitão Jorge de Albuquerque Coelho: pela qual razão, com o teor das presentes letras instituímos, e elegemos a V.R. em Custódio, e nosso legítimo Comissário: cum plenitudine potestatis in utroque foro, quanto lhe parecer a V.R. que é necessário, e que possa levantar conventos, e receber noviços à Ordem, de que se deva ter boa esperança; e lhe assignamos por companheiro ao venerando Padre Fr. Francisco de S. Boaventura, da mesma Província de Santo Antônio, e que possa levar consigo outros quatro frades provados em Religião, e virtude, até que todos façam o número de seis. E além destes, lhe concedemos que possa ajuntar outros seis das outras Províncias. Aos quais todos mandamos em virtude da santa obediência, e sob pena de excomunhão maior, Latae sententiae, e outras penas por nós arbitradas, que em todas as coisas, que não são contrárias à sua salvação, e nossa Regra, com muita humildade lhe obedeçam. E queremos que, se acontecer que V.R. morra, lhes suceda no ofício de Custódio, e Comissário o dito Padre Fr. Francisco de S. Boaventura. E determinamos, que esta Custódia, por nós novamente ereta, se chame daqui por diante de Santo Antônio, e seja sujeita à dita Província de Santo Antônio de Portugal. Além disto, para que todas as coisas se façam com ordem, e se ocorra a todas as dificuldades, que pelo tempo aconteceram, queremos, e determinamos, que o Ministro Provincial, que de presente é, e pelo tempo for, tenha diligente cuidado desta Custódia, e com todas as forças a favoreça, e finalmente a proveja em os Capítulos Provinciais oportunamente de Custódio idôneo, e suficiente. E mandamos sob pena de excomunhão maior, Ipso facto incurrenda, que nem o dito Ministro, nem outro qualquer súdito nosso presuma ir, Directe, vel indirecte, contra esta nossa Patente, nem interpretá-la, ou declará-la de outro modo do que soa. E nas mesmas penas incorra todo aquele, que intentar impedir a execução dela. E para que tudo o ordenado por nós tenha o seu devido efeito, e não careça de prêmio, mandamos a V.R. por santa obediência em virtude do Espírito Santo, que em tudo o guarde, e faça guardar segundo a perfeição, e obrigação de nossa Regra. E poderá receber, e reter quaisquer frades, que a ele forem de outras Províncias, contanto que lhe possam servir, e distribuí-los pelos conventos, e lugares, onde lhe forem necessários. Dada em o nosso Convento de S. Francisco de Lisboa, sob nosso sinal, e selo maior do nosso Ofício, aos 13 dias do mês de março de 1584.

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ALVARÁ DE FELIPE II

Eu el-Rei faço saber a vós, meu Governador das partes do Brasil, e às Justiças, Oficiais, e pessoas das ditas partes, a quem o conhecimento pertencer, da Capitania de Pernambuco, que Eu hei por bem, e me praz, e vos mando que deis toda ajuda, e favor que cumprir, e for necessário aos Padres da Ordem de S. Francisco, de que nesta petição atrás escrita de Jorge de Albuquerque Coelho, Capitão, e Governador da Capitania de Pernambuco, se faz menção, para conseguir o efeito nela declarado, conforme a Patente, que os ditos Padres levam do Padre Geral da sua Ordem, que a vós com este Alvará será apresentado; o que assim cumprireis sem dúvida, nem embargo algum, que a isto seja posto, por ser coisa tanto do serviço de Deus Nosso Senhor, e meu. E hei por bem, que este Alvará valha, e tenha força, como carta feita em meu Nome, sem embargo da Ordenação do liv. 2, tit. 20 que dispõe o contrário. Francisco Nunes de Paiva o fez em Lisboa aos 29 de maio de 1584 anos.

JABOATÃO, Antonio de Santa Maria (1761). Orbe Serafico Novo Brasilico, descoberto, estabelecido, e cultivado a influxos da nova luz de Italia, estrella brilhante de Hespanha, Luzido Sol de Padua, Astro Mayor do Ceo de Francisco, o Thaumaturgo Portuguez S.to Antonio, a quem vay consagrado como Theatro glorioso, e Parte Primeira da Chronica dos Frades Menores da mais Estreita, e Regular Observancia da Provincia do Brasil.