“Foi o primeiro ouvidor geral de Angola. Nascido em Bragança, Trás-os-Montes, por volta de 1543, filho de Ambrósio Nunes, cristão-velho, natural da Galícia, e de Helena Dias, cristã-nova de Bragança. Duarte Nunes esteve no vice reinado do Peru, em Tucumán e Rio da Prata, como soldado e provavelmente comerciante, atividades que combinou ao longo de sua trajetória atlântica. Sua estadia em Tucumán coincidiu com o bispado de Francisco de Vitória, no período em que este estabeleceu relações comerciais com o Brasil, e dái com a África Centro-Ocidental, sendo pareceiro dos jesuítas e de outras autoridades. Segundo testemunhas, foi preso pela IL nas Índias Ocidentais, talvez em Tucumán, pelo comissário jesuíta Francisco de Angulo, ou em alguma outra parte. 

Em 1593 o padre Pero Rodrigues sugeriu o estabelecimento de um novo tribunal na África Centro-Ocidental. Dos oito crimes espirituais enumerados por ele na carta de maio, cinco foram atribuídos a Duarte Nunes Nogueira, que havia sido preso junto com o governador D. Francisco de Almeida. O vigário geral e provisor de Angola, Manuel Rodrigues Teixeira, determinou que Duarte Nunes fosse à Bahia para ser inquirido pelo visitador do Brasil.

Duarte Nunes foi preso pelo Santo Ofício nas Índias Ocidentais por haver dito que Deus não estava no céu. Em Luanda, foi processado pelo provisor Manuel Rodrigues Teixeira, que o mandou para a Bahia. Depois de liberado retornou a Portugal e residia em Lisboa, na Cutelaria. Em um encontro que teve com Domingos de Abreu de Brito, comentou que se fizera herege em Angola “para lhe darem licença para se ir (...) preso à Inquisição da Bahia”.