Chegou a Pernambuco no final de fevereiro do ano de 1586. Morales tinha ordens para, na Paraíba, ser capitão de um forte que deveria ser construído no Cabedelo, em substituição ao já assolado Forte de São Filipe e São Tiago. O ouvidor geral, Martim Leitão, recomendou ao capitão Francisco de Morales que esperasse que o rei provesse sobre o tema da governança, já que ele havia nomeado, de forma interina, João Tavares como governador. Contudo, o capitão Francisco de Morales investiu-se à força na condição de capitão e governador da Paraíba, contrariando as ordens do ouvidor Martim Leitão (Summario, 1983, Capítulo XVI, XX).