D. João Fajardo participó en la expedición dirigida por D. Fadrique de Toledo para recuperar Bahía del dominio holandés. Viajó con el cargo de almirante, además de ostentar el de general do estreito. "A outra investiu com a almeiranta do estreito com tanto ímpeto, que se começava a derreter o breu, e chamuscar alguns soldados, mas também foi livre pela diligência e indústria de d. João Fajardo, a cujo cargo estava a armada, e a canoa em que cuidaram escapar três holandeses, que governavam o fogo, foi tomada com um deles por uma chalupa de Roque Centena". (SALVADOR, 1627: 222, 226)

Participó también en la batalla para recuperar Bahía comandando cinco piezas de artillería junto con el general Manuel de Menezes en la parte de S. Bento, "em um morro junto ao mar, sobre a ribeira que chamam de Gabriel Soares, donde fizeram muito dano com cinco peças de artilharia não só aos navios holandeses, e às fortalezas da praia, que toda dali se descobria, mas também a algumas da cidade". (SALVADOR, 1627:228-229)

Su labor aparece mencionada en una carta de D. Fadrique de Toledo dirigó al rey: "D. João Fajardo há servido a Vossa Majestade melhor que eu, porque há assistido no apresto do que há desembarcado do mar com grande cuidado, que não há sido menos essencial que o das armas; também esteve na segunda bateria, que se fez aos navios, e em tudo há procurado servir a Vossa Majestade, e ajudar-me como pessoa de tantas obrigações". (SALVADOR, 1627: 234)

Tomada ya la ciudad de Bahía, llegó avisó de que dos naves portuguesas, una cargada con vino y otra con suministros, habían sido apresadas por los holandeses. El general D. Manuel de Menezes mandó a Tristão de Mendonça y al capitán Gregório Soares a capturar la nave de los suministros, mientras D. João Fajardo mandó "um patacho, que tomou o dos vinhos, e dos holandeses, que tomaram destes dois navios, constou que vinha já a sua armada do socorro, a qual poucos dias depois, aos 26 de maio pela manhã, apareceu na barra; eram 34 naus, 15 grandes do estado, e as mais de frete, e assim eram duas capitanias". (SALVADOR, 1627: 237)